در وزارت علوم، پس از آنکه جعفر میلی‌منفرد، گزینه معرفی شده از سوی رئیس‌جمهور برای وزارت علوم موفق به کسب رأی اعتماد نشد، دکتر روحانی، جعفر توفیقی را به‌عنوان سرپرست وزارت علوم برگزید. مهم‌ترین اقدام وی در مدت سرپرستی تغییر روسای دانشگاه‌های علامه طباطبایی و صنعتی اصفهان است که البته برخی تغییر رئیس دانشگاه آزاد اسلامی را نیز به او نسبت می‌دهند.
به هر روی در آخرین لحظه رئیس‌جمهور تصمیم گرفت تا رضا فرجی دانا را به جای توفیقی به‌عنوان گزینه پیشنهادی وزارت علوم به مجلس معرفی کند. فرجی دانا پس از تصدی پست وزارت علوم، میلی‌منفرد و توفیق، 2گزینه روحانی برای وزارت علوم را به‌ترتیب به سمت معاون آموزشی و مشاور عالی منصوب کرد.
همچنین مجتبی صدیقی، سمنانیان و محمود صادقی به‌ترتیب به‌عنوان معاون وزیر و رئیس سازمان امور دانشجویان، مشاور وزیر و رئیس مرکز هیأت‌های امنا و هیأت‌های ممیزه مرکزی و مدیرکل دفتر ارزیابی عملکرد و پاسخگویی به شکایات وزارت علوم منصوب شدند. فانی طی 3-2روز اخیر رئیس مرکز امور بین‌الملل و مدارس خارج از کشور، مدیرکل دفتر وزارتی، رئیس مرکز سنجش آموزش و پرورش و معاون آموزش ابتدایی‌را منصوب کرده است.
